La expresión es de origen incierto, no existe ningún documento ni escrito que revele su significado, y ha llegado hasta nuestros dÃas portradición oral desde la Edad Media. Sobre el año 1320 comienzan a difundirse libelos en los reinos cristianos de judÃos que envenenan el agua y profanan hostias, llegando a su apogeo entre 1328 y 1350, durante la peste negra. Se cuenta que durante las celebraciones de Pascua, el Viernes Santo, los cristianos de la ciudad bajaban a la juderÃa, junto al barrio Húmedo de León, para atacar a los judÃos, a los que consideraban responsables de la muerte de Cristo. Las autoridades, alarmadas, para evitarlo, decidieron permitir una suave bebida alcohólica en las tabernas del camino, con la que se emborrachaban y desistÃan finalmente de sus intenciones. Esta bebida era la limonada; originalmente Vino tinto rebajado con agua, limón y azúcar.
El dicho atribuido a Fernando el Católico, cuando firmó el decreto de expulsión de los judÃos de España, «Limonada que trasiego, judÃo que pulverizo» es un posible origen de la expresión que por transmisión oral llegó hasta nuestros dÃas evolucionada como «matar judÃos».
http://es.wikipedia.org/wiki/Matar_jud%C3%ADos